Anadolu'daki çeşitli merkezleri İstanbul'a ve kent içindeki çeşitli semtleri de birbirine bağlayan bazı ana ulaşım yolları Kadıköy İlçesi'nden geçer. Bunlardan en önemlisi eskiden Ankara Asfaltı ve E-5 adlarıyla anılan D-100 Karayolu'dur. Bu karayolu Fatih Sultan Mehmet Köprüsü'ne giden O-2 Otoyolu'yla Kozyatağı'nda, Boğaziçi Köprüsü'ne giden O-1 Otoyolu'yla Uzunçayır'da kesişir.
Anadolu'nun çeşitli merkezlerini İstanbul'a bağlayan demiryolu hattının ilk istasyonu Haydarpaşa Garı'dır. Haydarpaşa'daki gar binası ve öteki demiryolu tesisleri Kadıköy İlçesi sınırları içindedir. Bu istasyon aynı zamanda kentin Anadolu yakasında Gebze'ye kadar gerçekleştirilen banliyö ulaşımı açısından önem taşır.
Kadıköy İlçesi'nde yaşayanların önemli bir bölümü şehir hatları vapurlarını kullanırlar. İlçedeki vapur iskeleleri Haydarpaşa, Kadıköy ve Bostancı'dadır. Ayrıca Kadıköy ve Bostancı'daki deniz otobüsü iskelelerinden İstanbul'un çeşitli kıyı semtlerine düzenli seferler yapılır. Kalamış Koyu'nda da büyük bir yat limanı vardır. 1934-1966 yılları arasında, Kadıköy-Moda, Kadıköy-Fenerbahçe ve Kadıköy-Bostancı tramvay hatları hizmet vermiştir. 2003 yılında Kadıköy-Moda hattı nostaljik tramvay adıyla yeniden hizmete girmiştir.
İlçenin kuzeyinden, D-100 Karayolu boyunca Kadıköy-Kaynarca Metrosu (M4 hattı) geçmektedir. Bu metronun ilk istasyonu olan "Kadıköy" de ilçe merkezinde bulunmaktadır.
