Peygamber olup olmadığı tartışmalıdır. Kendisiyle ilgili anlatı Ye cüc ve Me cüc 'ü de içerir ki bu bağlamda benzeri anlatılar Tanah'ta da bulunur. Kur'an'daki anlatıda kim veya ne oldukları açıklanmayan Ye cüc ve Me cüc  engellemek için bir set inşa ettiğinden söz edilir. Hangi çağda yaşadığı belirtilmemiştir.

İsmin etimolojik kökeni
Zülkarneyn kelimesi Arapçadır. Zü, tanımlık (e)l ve karneyn kelimelerinin birleşmesinden meydana gelmiştir. Zü, sahip ve mâlik demektir. Karn ise boynuz, perçem, tepe, zaman, güneş anlamlarına gelir. Karneyn, karn'ın tesniyesi yani iki tanesi demektir. Buna göre Zülkarneyn kelimesi iki boynuz sahibi şeklinde tercüme edilir.

Ancak, Kehf Suresi'ndeki âyetler göz önüne alındığında "iki zaman sahibi" veya zaman yolcusu şeklinde bir tercüme de akla yakın gelmektedir.

Kur'an'da bahsi geçen âyetler
Bir de sana Zülkarneyn hakkında soru soruyorlar. De ki: “Size ondan bir anı okuyacağım.” Biz onu yeryüzünde kudret sahibi kıldık ve kendisine her konuda bir yol verdik. O da bir yol tuttu. Güneş'in battığı yere varınca onu siyah balçıklı bir su gözesinde batar buldu. Orada bir kavim gördü. “Ey Zülkarneyn! Ya cezalandırırsın ya da haklarında iyilik yolunu tutarsın” dedik. Zülkarneyn, “Her kim zulmederse biz onu cezalandıracağız. Sonra o Rabbine döndürülür. O da kendisini görülmedik bir azaba uğratır” dedi. “Her kim de iman eder ve salih amel işlerse ona mükâfat olarak daha güzeli var. O'na emrimizden kolay olanı söyleyeceğiz.”

Sonra yine bir yol tuttu. Güneş'in doğduğu yere ulaşınca onu, kendileriyle Güneş arasına örtü koymadığımız bir halk üzerine doğar buldu. İşte böyle. Şüphesiz biz onun yanındakileri ilmimizle kuşatmışızdır.

Sonra yine bir yol tuttu. İki dağ arasına ulaşınca bunların önünde neredeyse hiçbir sözü anlamayan bir halk buldu. Dediler ki: “Ey Zülkarneyn! Yecüc ve Mecüc yeryüzünde bozgunculuk yapmaktadır. Onlarla bizim aramıza bir engel yapman karşılığında sana bir vergi verelim mi?” Zülkarneyn, “Rabbimin bana verdiği daha hayırlıdır. Şimdi siz bana gücünüzle yardım edin de sizinle onların arasına sağlam bir engel yapayım” dedi. “Bana demir madeni getirin” dedi. İki yamacın arasındaki boşluğu bir hizaya getirince “Körükleyin!” dedi. Demiri eritip kor yapınca da “Bana erimiş bakır getirin, bunun üzerine boşaltayım” dedi.

Artık onu ne aşabildiler, ne de delebildiler.
Zülkarneyn, “Bu, Rabbimin bir rahmetidir. Rabbimin vaadi gelince onu yerle bir eder. Rabbimin vaadi gerçektir” dedi.(18: 83-98 )
96. ayet için Diyanet İşleri Başkanlığı mealinde şöyle bir dipnot mevcuttur: "Kur’an’da “zübera’l-hadîd” şeklinde geçen ibare “demir parçaları”, “demir kütleleri” diye çevirilmiş ise de biz “demir madeni” diye çevirmeyi tercih ettik". Ayrıca 98. ayetteki vaad kelimesi Kıyamet'e yakın zaman dilimi (ahir zamanda) olarak algılanır ve Ye'cüc ve Me'cüc'ün Dünya'yı istila etmesi kıyamet alametlerinden birisi olarak yorumlanır.

Zülkarneyn’in kimliği problemi
Kur'an'ın Kehf Suresi'nin Orhun yazıtlar ile olan birebir benzerliğine dayanarak Zülkarneyn'in Bilge Kağan veya antik çağda yaşamış bir başka Türk komutan veya Oğuz Kaüan olduğu da iddia edilir. Türk efsanelerinde Türk hakanının gökten bir ağaç kovuğuna inen kızlarla evlenmesi, Türk adı ile kurulan ilk devletin uzayla ilgili bir ad ile kurulması ("Gök"türkler), bir efsanede dağa bakır dökülerek kapatılması ve bir müddet sonra körüklerle eritilmesi ve yolun tekrar açılması, kadim Orta Doğu kazılarında şaşırtıcı şekilde bu kültüre ait izlerin bulunması, Muhammed'den nakledilen hadislerin bulunması gibi hususlar bu son iddiayı güçlendirmektedir.

Zülkarneyn karakterini, kelime anlamının çift boynuz sahibi olması nedeniyle (çift boynuzlu miğfer takan) Büyük İskender 'e   veya Ebu'l Kelam Azad,  Muhammed Hüseyin Tabatabaî ve Nasir Mekarim Şirâzî gibi tefsir âlimleri tarafından ve bâzı Hıristiyanlarca Büyük Kiros'a atfedilir.

Kur'an'da kimlik tanımı flu çizgilerle yapılmış efsanevî bir komutan veya kral olduğu anlaşılan Zülkarneyn’in demir işlemeyi bildiği göz önüne alındığında Demir çağı n dan sonra yaşadığı anlaşılır. Sınırları doğu ve batıda olabilecek en geniş noktalara ulaşan bir devlet veya hükümranlığın başını temsil ediyor. Başarılarının büyüklüğü, kendisini Tanrı’nın desteklediği efsanesinin yerleşmesine yol açıyor. Başında savaşlarda kullandığı çift boynuzlu kaska atfen Zülkarneyn (çift boynuzlu) ifadesi kullanılıyor. Hikâyenin buraya kadarki kısmı Büyük İskender ile uyumlu gözüküyor ve Kur'an yorumcuları nın çoğu Zülkarneyn’in İskender olduğu sonucuna ulaşıyor. Ancak hikâyenin diğer parçaları başka coğrafyalardan derlenmiş unsurlardan oluşuyor. İskender’in demir kitleleri ile inşâ ettiği set Zülkarmeyn ve Saddi /(Çin seddi) ise seddi inşa edenin kimliği, seddin harcı ve kimlere karşı (Ye cüc Me cüc) yapıldığı göz önüne alındığında yorumcuların aklını karıştırıyor ve Büyük İskender için sonu olmayan kimlik arayışlarına, hatta onun Muhammed'in kendisi olduğu iddialarına yol açıyor.
Yorumlarında çağdaş unsurları kullanan bâzı modernist yorumcular ise onun gezegenlerarası seyahat yapabilen bir  zaman ayolcusu olduğunu ileri sürmekten çekinmiyor.