Antakya'daki ilk Hıristiyanların gizli toplantıları için kullandıkları bu mağara Hıristiyanlığın en eski kiliselerinden biri olarak kabul edilir.

İncil'in Resullerin İşleri bölümünde Barnabas'ın Tarsus'a giderek Pavlos'u Antakya'ya getirdiği, Antakya'da bir yıl birlikte çalışarak Hıristiyanlığı yaydıkları ve bu dine inananlara 'Hıristiyan' adının verilmesinin Antakya'da gerçekleştiği bilinmektedir. Bu bilgilere ek olarak Pavlos'un Galatyalılara yazdığı mektupta Antakya'ya gelen Petrus ile Hıristiyanlığın o günkü durumunu tartıştığını belirtmektedir. Hıristiyan geleneği Petrus'u Antakya Kilisesi'nin kurucusu ve burada oluşan Hıristiyan topluluğun ilk başpapazı olarak kabul etmiştir.

Kilisenin erken döneminden günümüze sadece taban mozağinin parçaları ve sunağın sağında, duvar boyamalarının izleri kalmıştır. Dağa açılan tüneli bir zamanlar burada toplanan Hıristiyanların baskınlar sırasında kaçmak için kullandıkları sanılmaktadır. Kayalardan sızarak yalakta toplanan su vaftiz için kullanılmıştır. Son yıllara kadar ziyaretçilerin şifalı kabul ederek içtikleri, hastalara götürdükleri bu su sızıntısı depremler nedeniyle azalmıştır.

Kilisenin ortasındaki taş sunağın üstünde eskiden 21 Şubat tarihinde Antakya'da kutlanan Saint Pierre Kürsüsü Bayramı için yerleştirilen taştan bir kürsü vardır. Sunağın üzerindeki mermer Saint Pierre heykeli 1932 yılında yerleştirilmiştir. 1098 yılında Antakya'yı ele geçiren haçlılar kiliseyi birkaç metre daha uzatıp iki kemerle ön cepheye bağlamışlardır. Bu cephe 1863 yılında, Papa IX. Pius'un isteğiyle restore işlerine girişen Kapuçin rahipleri tarafından yeniden yapılmıştır. Restorasyona III. Napolyon da katkıda bulunmuştur. Kilise girişinin solunda duran kalıntılar bir zamanlar ön cephenin önünde bulunan revaktan geriye kalmıştır.
Bahçenin birkaç yüzyıl mezarlık olarak kullanıldığı bilinmektedir. Kilisenin iç kısmında da özellikle sunağın çevresinde de mezarlar bulunmuştur. Günümüzde bir müze olan kilisede valiliğin izniyle müze müdürlüğü denetiminde ayin yapılabilmektedir.

Hz. İsa'nın ölümünden sonra Havariler etrafa dağılıp onun dinini yaymaya başladıkları zaman Sen Piyer de Antakya'ya gelmişti. İlk toplantı Haç dağında bir mağarada idi. O zamanlar bu mağara Yahudi mahallesinin kenarına rastlamakta, sahip olduğu tünel vasıtasiyle, ani bir baskın esnasında içerdekilerin kolayca kaçmasına da elverişli bulunmakta idi. O vakte kadar hiç bir isim taşımayan bu topluluk ilk defa, bu mağarada Hristos dini mensubu anlamına, Hristiyan adını aldı. Hristiyanların ilk toplantı yeri burası olduğu için de ilk kilise kabul edildi. Mağaranın, yapılan ilâvelerle ne zaman Mağara - Kilise haline getirildiği meçhuldür. Döşemede M.S.  V. asra ait mozaiklere rastlanmaktadır. Halbuki bugünkü yapı M.S.  X I I - X I I I . asırlara aittir.

Gotik kiliseleri hatırlatan cephede ortadaki daha büyük olmak üzere üç kapı mevcuttur. Kapıdan mağaraya kadar devam eden kısım tonozlarla kapalı olup çatının ağırlığı kemerler vasıtasiyle iki payeye yükletilmiştir. Payelerden sonra hemen mağara başlar. 9,5 m. genişliğinde 13 m. derinliğinde ve 7 m. yüksekliğindeki Mağara - Kilise ön cephedeki yuvarlak pencereler vasıtasiyle aydınlanmaktadır. Duvarlarda görülen fresk kalıntılarının da  X I I veya  X I I I . asra ait olması muhtemeldir. Mihrabın sağ tarafında, kayalar arasından sızan suların toplandığı küçük bir havuzcuk vardır. Havariler zamanında vaftiz için kullanılan bu suyun, bugün mukaddes ve şifalı olduğuna inanılmaktadır. Mihrabın solundaki kapıdan, şimdi 3 m. den sonrası tıkanmış bulunan tünele geçilir. Vatikan tarafından mukaddes mahal ilân edilmiş bulunan Mağara - Kilise de her yıl Sen Piyer'in şehit edildiği 29 Haziran günü büyük bir âyin yapılmaktadır. Kudüse giden hacıların ziyaretgâhı Sen Piyer kilisesi, ören, yeri olarak da Hatay Müzesine bağlıdır.
 
Easter bunny’  nedir? Yumurta (Easter egg) niçin önemli
Hristiyan halk folklorunda Pasklaya günü iyi çocuklara renkli yumurtaları getirdiği anlatılagelen tavşana ‘Easter bunny’ deniyor. Bu tavşan figürü de bir tür Noel Baba efsanesi gibi. Yumurtanın, uzun perhiz döneminin bittiğinin sembolü olarak önem kazandığı düşünülüyor. Çünkü birçok Hristiyan kültürde, yumurta da perhiz döneminde (lent) yenilmesi yasak yiyecekler arasında. Yumurtaların neden renkli boyandığı ile ilgili kesin bir bilgi yok. Ortodoks dünyasında daha çok Hz İsa’nın kanının ifadesi olarak kırmızıya boyanıyor. Ancak birçok kültürde, uzun kıştan sonra nevruzun ifadesi olarak yeşile boyandığı da oluyor.
Bugünkü Paskalya takvimi ise, İznik Konsillerinde varılan bir anlaşmanın sonucu çoğunlukla. Rum ve Ermeni kiliselerinin çoğunun da içinde yer aldığı Ortodoks kilisileri bu takvim farkından dolayı, paskalya’yı bir sonraki Pazar kutlayacak.