Karahanlılardan sonra bölge Moğol imparatorluğunun kontrolüne geçmiş, Moğolların yıkılmasından sonra ise Çağatay Hanlığının hakimiyetinde kalmıştır. Zikredilen bu süreçlerin tamamında bölge halkı Müslüman-Türklerle meskun olmuştur.
Çağatay Hanlığının zayıflamaya yüz tuttuğu XVI. asrın ilk çeyreğinden itibaren Saidiye Hanlığının hakim olduğu Doğu Türkistan'da 1759-1859 yılları arasında bir asır ise "
Hocalar Devri" diye ifade edebileceğimiz dönem yaşanmıştır. Hocalar Devri bir nevi Çin'in bölgeyi işgalinin ön hazırlığı ile geçen iç çekişmelerin yaşandığı acılarla ve ibretlik olaylarla dolu bir dönem olmuştur.
1863 tarihinde kadim Türk şehri Kaşgar'da Yakup Han'ın kurduğu devlet, 14 yıl daha Çinlilerin bölgeye girmesini engellemiş lakin Yakup Han'ın 1877'de vefatından iki yıl sonra yani 1879 tarihinde Çinli komutan Zho Zho-tang'ın acımasız ve vahşi saldırıları neticesinde kadim Tük-İslam beldesi Çin istilasına maruz kalmıştır. İşgalin 5. yılında ise Çin meclisinin aldığı bir kararla Doğu Türkistan'ın adı "
Xin-jiang/Yeni Elde Edilmiş Toprak" olarak değiştirilerek Çin'in 19. eyaleti olarak Merkezi Çin'e bağlanmıştır.
Yakup Han döneminde İstanbul'a gönderilen bir heyet Osmanlı Sultanı tarafından kabul edilmiş, bir çok hediyelerle geri dönen heyet Kaşgar'da büyük sevinçlerle ve 40 pare top atışıyla karşılanarak Halife adına para bastırılıp hutbe okutulmuştur. Lakin bu huzurlu dönem 1877'de Yakup Han'ın vefatı ile son bulmuştur.
1911 yılında Çin'de Cumhuriyet ilan edilmiş ve Mancu hanedanlığı yıkılarak yerine Guo-Min-Dang yani Milliyetçi Çin Partisi iktidara gelmiştir. 1949 yılına kadar Çin'i yöneten Guo-Min-Dang idaresi döneminde Doğu Türkistan, Çinli genel valiler eliyle idare edilmiş, akla hayale gelmeyecek keyfi uygulamaların yaşandığı bu dönemde Doğu Türkistan halkı ilki 1933, ikincisi ise 1944'te olmak üzere iki bağımsız devlet kurmuştur. Her iki devlet Rus-İngiliz-ABD ve Çin işbirliği ile uzun ömürlü olamamıştır.
1925 yılı itibariyle Çin'de Komünistlerle Milliyetçiler arasında başlayan iç savaş 1948 yılı itibariyle Mao'nun Kızıl Birliklerinin galibiyetiyle sonuçlanmış, Guo Min-Dang liderleri Çan Kay-şek öncülüğünde Tayvan'a sığınmıştır. Doğu Türkistanlı ileri gelen liderler de yaptıkları birkaç toplantıdan sonra kalıp Komünist birliklere karşı, dış destekten de mahrum olunması dolayıyla, mücadelenin sadece halkın daha fazla ölümüne, ızdırap çekmesine ve yok olmasına sebep olacağı düşüncesiyle hicret etmeye karar vermiştir. "
Vatan İçin Vatandan Ayrılmak" olarak ifade edilen bu süreç tarihin en dramatik göç hadisesinin yaşanmasına sebep olmuş, 1949 yılında onbinlerce kişilik kafileler halinde çıkılan bu yolculuk, 1952 Eylül ayında sadece 1850 Doğu Türkistanlının Türkiye'ye iskanlı göçmen olarak kabul edilmesiyle son bulmuştur.
Bundan sonraki süreç hariçte ve dahilde Doğu Türkistan davası olarak ikiye ayrılmış, hariçte olanlar liderleri Mehmet Emin Buğra ve İsa Yusuf Alptekinlerin çizdiği yolda davalarını başta Türkiye'de olmak üzere dünya kamuoyuna duyurabilme, meseleyi BM gündemine taşıyabilme, kurdukları dernek ve vakıflar vasıtasıyla Doğu Türkistanlı hemşerilerinin dert ve sıkıntılarına çareler aramaya çalışmışlardır.
Doğu Türkistan'da ise 1955 tarihinde Komünist idare kadim Türk-İslam beldesinin adını "
Xin-jiang Uygur Özerk Bölgesi" ilan etmiş, başına bölgenin en fazla nüfusa sahip halkı olan Uygurlardan ama bütün yetkinin Çin Komünist Partisi'nin Özerk Bölge Sekreterinde olduğu kukla yönetimler atayarak idare ede-gelmiştir.
1966-1976 yılları arasında yüzbinlerce insan Mao'nun "
Kültür Devrimi" zamanında hayatını kaybetmiş, zulmün her türlüsüne şahit olunmuştur. Mao'nun 1976 yılında vefatından sonra Batıya açılma politikası güden Çin dikta rejimine ilk tepkiler Çinililer eliyle 1989 yılında Tiananmen olayları ile baş göstermiş, 1990 yılında ise Barın'da Doğu Türkistan halkının demokratik gösterisi kanlı bir şekilde bastırılmıştır. 1997 yılının Ramazan ayında ibadet etmek maksadıyla kadınların bir araya gelmesini bahane eden Çin yönetimi yine yüzlerce masum Doğu Türkistanlıyı acımasızca katletmiş ve uyguladığı terör devleti siyaseti Doğu Türkistan halkını neredeyse patlama noktasına getirmiştir. 2009 Urumçi olayları ise binlerce masum Doğu Türkistanlının hunharca katledilmesini, onbinlerce Doğu Türkistanlının hâlâ akıbetlerinin bilinmemesine neden olmuştur.
Çin devleti muhtemelen daha önce yapmış olduklarında ve dünyanın sesini çıkarmamış olmasından cesaret almış olacak ki, 2016 yılından bu yana, önümüzdeki 30 yıllık sürede, Doğu Türkistan diye bir problemle karşı karşıya kalmamak adına tam bir kültürel soykırım ve ırkı aşağılama olarak ifade edebileceğimiz, gayri insanı uygulamaları yürürlüğe koymuştur.
Muhtemelen Çin devletine dur denilmediği takdirde tarih Doğu Türkistan'da yaşananları "
2. Endülüs Vakası" olarak yazacaktır.