Godzilla 3D; 1999 yılındayız. Filipinler'de tanımlanamayan dev yaratıklara ait kalıntılara rastlanmıştır. Bundan çok kısa bir süre sonra, Japonya'da nükleer santralde bir felaket meydana gelir. Şehirde santrale yakın olan bölge nükleer kirlilik nedeniyle tehlikeli bölge ilan edilmiştir. Amerikalı Joe Brody, resmi açıklamanın aksine bu felaketin bir deprem olmadığına inanmaktadır. Oğlu Ford askeri kuvvetlere alındığında, aklına gelen ilk düşünce Japonya'ya gidince babasını alıp Amerika'ya geri götürmek olur. Bu sırada Joe Brody, kirlilik olan bölgeye vardığında 15 yıl önceki alametlerin tekrar yayıldığını fark eder. Bir yaratık nükleer enerjiden beslenerek etrafında bir yıkımın izlerini bırakarak gitmiştir. Canavarı durdurmak için Amerikan ordusu harekete geçer. Filmin senaryo ekibinde David Callaham ('The Expendables'), David S. Goyer ('The Man of Steel'), Max Borenstein ('Seventh Son') ve Frank Darabont ('The Walking Dead') bulunurken yönetmenliğini, Monsters filmiyle tanıdığımız Gareth Edwards üstleniyor.